Kota Bharu telah ditubuhkan oleh Sultan Muhammad II Kelantan pada tahun 1844 sebagai Pusat Kelantan. Sebelum tarikh itu, Kota Bharu dikenali sebagai Kuala Kelantan. Sebelum Kota Bharu diwujudkan, pusat Kelantan adalah Kota Kubang Labu.

Pantai Sabak, kira-kira 10 km dari Kota Bharu, adalah titik pendaratan awal tentera penceroboh Jepun pada 8 Disember 1941 di kempen Malayan apabila mereka berjaya menawan British.

Pada ribuan tahun lampau Kelantan dinamakan sebagai 'Medang Kamulan' iaitu sebelum abad yang pertama. Pada abad kelima berubah kepada Kalatana atau Tanah Kala. Catatan pedagang dari China menyebut sebagai Ho-lo-tan atau Ko'u-lo-tan.

Pada abad ketujuh Masehi nama baru pula diberi iaitu Sri Wijaya Mala. Pada 677 Masehi, Maharajanya Sri Jayanaga berjaya menawan seluruh Semenanjung dan menamakan Kelantan sebagai Sri Wijaya. Maharaja berkenaan meluaskan empayar sehingga ke Palembang. Kerajaan Sri Wijaya dan Palembang kemudian disatukan semasa di bawah pemerintahan Sanjaya.

Orang China menyebut empayar tersebut sebagai San Fo Tse (Tanah Seri Indah Sekebun Bunga) pada abad kelapan. Pada tahun 1502 Sultan Mansur Shah menggabungkan Kelantan ke dalam Pattani. Selepas Sultan Mansur Shah mangkat, Sultan Pattani ketika itu melantik gabenor memerintah Kelantan yang berpusat di Pengkalan Datu (dekat Kota bharu).

Pemerintah Kelantan tidak memakai gelaran sultan sebaliknya menggunakan gelaran raja. Di antara Datu-datu yang terkenal iaitu Datu Nik Jamaluddin. Pada 1554 cicit kepada Sultan Mansur Shah iaitu Raja Mansur membebaskan Kelantan daripada Pattani dan menggunakan kembali gelaran Sultan.

Sultan Muhammad adalah pemerintah terakhir daripada dinasti berkenaan yang memerintah sehingga 1602 kerana baginda tidak mempunyai anak. Kemudian tempatnya diambil putera Datu Nik Jamaluddin dengan memakai gelaran Sultan Adiluddin (1602 - 1605). Sultan Adiluddin adalah ayah kepada Puteri Maryam (Puteri Saadong).

Sebelum kelahiran Kota Bharu sebagai ibu negeri Kelantan, pusat pemerintahan Kelantan terbahagi kepada dua iaitu Kota Kubang Labu dan Kota Pengkalan Datu. Ibu kota negeri Kelantan mempunyai sejarah yang panjang kerana berlaku perebutan di antara pemerintah ketika itu.