Kemangkatan Sultan Muhammad I pada tahun 1835 Masihi. Apabila Sultan Muhammad I mangkat negeri Kelantan telah diperintah pula oleh Long Zainal (Long Jenal) adindanya sendiri. Long Jenal juga memakai gelaran Yang Dipertuan dan memerintah dari tahun 1835 hingga tahun 1839 Masihi. Zaman pemerintahan Long Jenal tidak aman kerana berlaku perang saudara antara baginda dengan putera-putera Long Hitam (Long Tan) yang dikepalai oleh Senik (dikenali juga sebagai Tuan Senik Muluk Merah atau Tuan Senik Kampung Sireh) juga adalah anakanda saudara kepada Long Jenal. Dalam perang saudara itu pihak Tuan Senik Mulut Merah akhirnya beroleh kemenangan. Dalam perang itu kedua-dua pihak yang bermusuhan masing-masing menghantar surat dan utusan kepada Raja Siam meminta sokongan dan campur tangan untuk menyelesaikan krisis politik di negeri Kelantan itu.
Setelah Raja Siam menghantar empat utusan ke negeri Kelantan, barulah krisis itu dapat diatasi. Pihak Siam menyokong serta memihak kepada pihak Tuan Senik Mulut Merah yang kebetulan pula beroleh kemenangan. Setelah berperang beberapa lama Long Jenal terpaksa melarikan diri ke Terengganu dan kemudiannya ke Menara (Bangnara atau Narathiwat sekarang). Berikutan dengan kekalahan Long Jenal itu Senik Mulut Merah menjadi Raja Pemerintah Kelantan dengan bergelar Sultan Muhammad II. Baginda memerintah Kelantan dari tahun 1839 hingga kepada tahun 1886 Masihi iaitu selama 47 tahun. Setelah mangkat baginda dikenali juga sebagai Marhum Mulut Merah.
Oleh kerana terletak di tepi sungai Kelantan yang agak besar juga itu serta selalu berlaku banjir setiap tahun, maka setelah sepuluh atau dua puluh tahun, Pulau Saba telah dimakan air dan runtuh sedikit demi sedikit tiap-tiap tahun sehingga membimbangkan baginda Sultan. Oleh sebab itu pada tahun 1840 Masihi Sultan Muhammad II (Tuan Senik Mulut Merah) telah memerintahkan supaya digali sebuah anak sungai di tebing sebelah barat Sungai Kelantan iaitu dari Kampung Kutan hingga ke bendang Mokrat (dekat Kampung Palekbang sekarang). Tujuan menggali anak sungai itu ialah untuk melarikan arus Sungai Kelantan di sebelah timur. Anak sungai itu telah selesai digali pada tahun 1841 Masihi dan merupakan satu cabang dari Sungai Kelantan dan panjangnya adalah kira-kira tiga batu. Tetapi anak sungai itu telah tertimbus dengan sekali banjir saja oleh pasir dan lumpur yang dibawa oleh arus banjir Sungai Kelantan. Namun demikian anak sungai tersebut hingga sekarang masih ada lagi bekasnya atau kesannya dan terkenal dengan nama Sungai Raja Gali.
Apabila Sungai Raja Gali itu telah tertimbus, maka tebing Sungai Kelantan, terutama sekali tebing sebelah timur, mulai runtuh kembali apabila berlaku banjir. Keruntuhan tebing-tebing sungai itu mengancam keselamatan kota atau bandar Pulau Saba itu termasuk juga kawasan yang dipanggil "Kebun Mengseta" di mana terletak beberapa rumah kerabat diraja Kelantan di zaman itu.
Oleh itu, Sultan Muhammad II telah memilih satu kawasan di pendalaman di sebelah timur Pulau Saba dan Kebun Mengseta serta diperintahkan supaya didirikan sebuah kota yang baru. Pembinaan kota itu telah dimulakan pada kira-kira tahun 1844 Masihi.
Pada asasnya tapak Istana Balai Besar itu sebahagian daripada satu kawasan besar yang meliputi kira-kira empat ekar yang di panggil "Buluh Kubu" kerana kawasan tersebut dikelilingi oleh deretan pokok-pokok buluh peleting yang ditanam sebagai pagar yang besar. Kawasan di dalam "Buluh Kubu" itu termasuk tapak Istana Balai Besar adalah menjadi hak Sultan yang memerintah secara turun-temurun. "Buluh Kubu" kemudiannya lebih terkenal dengan panggilan "Dalam Kubu".
Setelah kota itu siap dibina kira-kira pada tahun 1844 Masihi, Sultan Muhammad II pun berangkat dan bersemayam di kota serta istana yang baru itu. Kota dan istana itu pada mulanya dikenali atau dipanggil "Kota Bharu" mengambil sempena kota dan istana yang baru dibina itu. Ia segera berkembang menjadi pusat pemerintahan dan pentadbiran negeri Kelantan. Ia menjadi ibu negeri Kelantan di zaman moden ini. Oleh sebab terjadi kekeliruan dengan kerana nama kota istana itu dipanggil "Kota Bharu" dan ibu negeri Kelantan juga dipanggil "Kota Bharu", maka Sultan Muhammad II menitahkan supaya kota istana tempat Baginda bersemayam itu diberi nama yang lain pula iaitu "Istana Balai Besar" supaya berbeza dengan Kota Bharu yang menjadi nama bandar dan ibu negeri Kelantan.
Pada tahun 1794 Masihi pemerintah Kelantan Long Yunus telah digantikan oleh menantunya yang bernama Tengku Muhammad dari putera kepada Sultan Mansur Terengganu (memerintah Terengganu dari tahun 1740 hingga tahun 1793 Masihi). Bonda Tengku Muhammad tersebut ialah orang Kelantan yang dikahwin oleh Sultan Mansur semasa baginda melawat Kelantan di zaman sebelum Long Yunus merajai negeri Kelantan. Tengku Muhammad ialah suami kepada Engku Tuan Nawi puteri kepada Long Yunus. Setelah menjadi raja pemerintahan Kelantan dengan gelaran Yang Dipertuan pada tahun 1794 Masihi, Tengku Muhammad membuat rancangan untuk membangunkan ibu kota yang baru bagi negeri Kelantan iaitu di Kampung Padang Lundang yang merupakan sebuah tempat yang lebih sesuai dari Kampung Galuh yang terletak berhampiran sangat dengan sungai senang bagi pihak musuh datang melanggar atau menyerang dan mengepung. Di samping itu pula Kampung Padang Lundang itu lebih besar kawasannya dan rakyat pun lebih ramai. Tetapi rancangan Tengku Muhamad itu tinggal impian sahaja dengan sebab sebelum sempat didirikan kota istana yang baru di tempat itu telah meletus perang saudara di antara pihak Tengku Muhammad Yang Dipertuan Kelantan dengan pihak putera-putera Long Yunus yang diketuai oleh long Muhammad dan pengikut-pengikut mereka yang terdiri dari orang-orang Kelantan. Perang saudara itu merebak menjadi perang antara Kelantan dengan Terengganu.
Dalam pusingan pertama perang antara Kelantan dengan Terengganu (iaitu antara pihak Tengku Muhammad, Yang Dipertuan Kelantan dengan pihak putera-putera Long Yunus) pihak Tengku Muhammad, Yang Dipertuan Kelantan yang disokong oleh hulubalang-hulubalang Terengganu dan Siak (sebuah negeri Melayu di Sumatera Timur) telah mengalahkan pihak putera-putera Long Yunus yang memberontak itu. Long Muhammad dan saudara-saudaranya serta pengikut-pengikutnya dari orang-orang Kelantan telah undur ke kawasan Pasir Lalat di Hulu Kelantan. Di situlah Long Muhammad dan orang-orangnya membuat persediaan dan rancangan bagi merebut negeri Kelantan dari tangan iparnya Tengku Muhammad. Pada kira-kira tahun 1799 Masihi Long muhammad dan pasukannya mara ke hilir Kelantan. Setelah bertempur dengan hebat beberapa hari negeri Kelantan dapat ditawan oleh Long Muhammad. Tengku Muhammad, Yang Dipertuan Kelantan dan pengikut-pengikutnya terpaksa berundur ke Kuala Terengganu buat selama-lamanya. Setelah beroleh kemenangan iaitu pada tahun 1800 Masihi, Long Muhammad menjadi raja pemerintah Kelantan sebagai Yang Dipertuan dengan bergelar Sultan Muhammad yang kemudiannya terkenal sebagai Sultan Muhammad I. Sesudah mangkat, iaitu dalam tahun 1835 Masihi, Sultan Muhammad dikenali sebagai Sultan Mandul kerana baginda tidak mempunyai anak. Di zaman kemudiannya baginda juga terkenal dengan gelaran Marhum Tua atau Marhum Mandul.
Mungkin sekali 'Kota' di Kampung Galuh yang telah dibina oleh Long Yunus itu telah rosak binasa akibat perang antara Kelantan dengan Terengganu pada tahun-tahun 1798-1800 Masihi yang tersebut itu. Mengikut cerita orang tua-tua Sultan Muhammad I mendirikan ibu negeri Kelantan di Pulau Saba yang terletak di tepi tebing timur Sungai Kelantan (di kawasan jeti Jabatan Kastam sekarang ini). Di atas Pulau Saba inilah Sultan Muhammad I membina Kota istananya dan lain-lain bangunan serta juga sebuah masjid. Pulau Saba telah menjadi pusat pemerintahanatau ibu kota negeri Kelantan selama 42 tahun iaitu dari tahun 1800 hingga tahun 1842 Masihi.
Sumber
Nik Mohamed bin Nik Mohd. Salleh (1984). Warisan Kelantan III. Kota Bharu: Perbadanan Muzium Negeri Kelantan.
Pada tahun 1943, semua Tanah dalam kawasan "Buluh Kubu" atau "Dalam Kubu" telah dijadikan sebagai "Tanah Sultan" atau "Sultanate Lands". Mengikut enactment no. 5 of 193: the Sultanate Lands Enactment dimana semua tanah di dalam kawasan Buluh Kubu berserta dengan hasil mahsul dan keturunannya adalah menjadi harta Kebawah Dulu Yang Maha Mulia Sultan Kelantan.
Perubahan pesat yang berlaku kepada Bandar Kota Bharu sebenarnya bermula tahun 1970 yang menyaksikan perluasan kawasan Bandar Kota Bharu sehingga merangkumi Kawasan Wakaf Siku, Jalan Hamzah, Jalan Kebun Sultan, Jalan Sultanah Zainab dan lain-lain lagi.
Begitu juga halnya dengan jalan raya dan bangunan-bangunan, pembinaannya bertambah dari masa ke semasa serta berlaku perubahan yang drastik berbanding dengan zaman pemerintahan Inggeris dan Jepun dahulu.
Pada hari ini, pembangunan Bandar Kota Bharu telah setanding dengan bandar-bandar lain di Malaysia dimana ianya mempunyai pelbagai kemudahan asas untuk rakyatnya bukan sahaja di dalam espek kebendaan malah kebajikan, keagamaan dan pelbagai lagi.
Pendek kata, apa sahaja yang terdapat di bandar lain di negara ini turut dimiliki oleh Bandar Kota Bharu Bandar Raya Islam seperti pusat-pusat pendidikan (biasa dan pondok) perubatan, pusat perniagaan, pusat ibadat, pusat riadah / kesukanan dan pentadbiran. Antara Pasar Besar Siti Khadijah, Hospital Sultanah Zainab II (dulunya Hospital Kota Bharu), Hospital Universiti Sains Malaysia, Stadium Sultan Muhammad Ke IV dan pelbagai lagi.
Penyadiaan pelbagai kemudahan asas ini terpaksa dilakukan berikutan kepesatan pembangunan yang dialami oleh Bandar Kota Bharu kini dengan menyaksikan pertambahan mendadak penduduknya dari 80,000.00 orang pada tahun 1941 kepada 400,000.00 pada tahun 2000 dan kini melebihi 1/2 juta orang.
Berikutan dengan pertambahan penduduk yang meningkat dari setahun ke setahun dan perluasan Kawasan jajahan serta Kerajaan Kelantan yang berjalan mengikut lunas-lunas yang ditetapkan oleh Islam dan pelaksanaan pendekatan keIslaman oleh Majlis Perbandaran Kota Bharu, di Bandar ini, Bandar Kota Bharu sememangnya layak dinaikkan taraf menjadi Bandar Raya pada 01 Oktober 2015 oleh ke Bawah Duli Yang Maha Mulia Sultan Kelantan.
Semasa Inggeris memerintah Kelantan dari tahun 1909 hingga 1941 dan diikuti Jepun mulai 1941 hingga 1945, beberapa pejabat kerajaan telah dibina di negeri ini sperti Pejabat-pejabat Jajahan, Tanah dan Bandar, Pos, Telegrap, Mahkamah, Polis, Kerja Raya dan lain-lain lagi.
Sumber
Nik Mohamed bin Nik Mohd. Salleh (1984). Warisan Kelantan III. Kota Bharu: Perbadanan Muzium Negeri Kelantan.
Sejak dari awal abad ke-18 Masihi ibu kota negeri Kelantan ialah Kubang Labu yang terletak di tebing sebelah barat Sungai Kelantan di antara Kampung Pekan dengan Kampung Wakaf Bharu sekarang ini. Raja Kelantan yang terhakhir memerintah di Kubang Labu ialah Long Muhamad bin Long Sulong atau Tuan Long Nik. Baginda telah dikalahkan oleh Long Yunus yang datang menyerang Kelantan dari Terengganu kira-kira pada tahun 1750 Masihi. Berikutan dari peperangan itu Kota Kubang Labu telah rosak binasa dan rakyatnya telah melarikan diri ke tempat-tempat lain.
Setelah beroleh kemenangan, Long Yunus menjadi raja pemerintah Kelantan dengan gelaran Yang Dipertuan kira-kira pada tahun 1760 Masihi. Baginda membina kota istananya di Kampung Galuh yang terletak di tebing sebelah timur Sungai Kelantan berhadapan dengan Kampung Pekan sekarang ini. Pada masa itu Kampung Galuh dikenali juga sebagai Kampung Ce' Bu. Kampung Galuh mempunyai sebuah pangkalan yang dipanggil Pangkalan Leser atau Pangkalan Galuh. Pada masa sekarang ini Kampung Galuh lebih dikenali sebagai Kampung Kota Lama. Adapun kota atau istana yang dibangunkan oleh Long Yunus di Kampung Galuh itu dipanggil Istana Galuh. Long Yunus sebagai yang Dipertuan Kelantan bersemayam di Istana Galuh itu hingga akhir hayatnya pada tahun 1794 Masihi apabila baginda mangkat.
Seorang pengembara bangsa Cina bernama Hsieh Ching Kao yang telah melawat Kelantan di sekitar tahun 1780 Masihi telah menulis tentang negeri Kelantan yang dilihatnya pada masa itu. Dalam tulisannya itu beliau menyebut bahawa "raja (Kelantan) tinggal di pelabuhan dan di pelabuhan inilah pasar pagi diadakan dan kapal-kapal layar dari laut datang berlabuh. Di sekeliling pelabuhan ini ditanamkan pokok-pokok buluh sebagai benteng dan ditambahkan pula dengan dinding-dinding papan untuk memperkuatkannya. Hanya ada satu pintu gerbang sahaja dan penduduk tinggal di luar daripada lingkungan atau benteng buluh itu". Besar kemungkinan kota atau pelabuhan yang disebut oleh Hsieh Ching Kao itu ialah Kota Galuh dan Pangkalan Leser di zaman pemerintahan Long Yunus.
Sumber
Nik Mohamed bin Nik Mohd. Salleh (1984). Warisan Kelantan III. Kota Bharu: Perbadanan Muzium Negeri Kelantan.
Kota Bharu telah ditubuhkan oleh Sultan Muhammad II Kelantan pada tahun 1844 sebagai Pusat Kelantan. Sebelum tarikh itu, Kota Bharu dikenali sebagai Kuala Kelantan. Sebelum Kota Bharu diwujudkan, pusat Kelantan adalah Kota Kubang Labu.
Pantai Sabak, kira-kira 10 km dari Kota Bharu, adalah titik pendaratan awal tentera penceroboh Jepun pada 8 Disember 1941 di kempen Malayan apabila mereka berjaya menawan British.
Pada ribuan tahun lampau Kelantan dinamakan sebagai 'Medang Kamulan' iaitu sebelum abad yang pertama. Pada abad kelima berubah kepada Kalatana atau Tanah Kala. Catatan pedagang dari China menyebut sebagai Ho-lo-tan atau Ko'u-lo-tan.
Pada abad ketujuh Masehi nama baru pula diberi iaitu Sri Wijaya Mala. Pada 677 Masehi, Maharajanya Sri Jayanaga berjaya menawan seluruh Semenanjung dan menamakan Kelantan sebagai Sri Wijaya. Maharaja berkenaan meluaskan empayar sehingga ke Palembang. Kerajaan Sri Wijaya dan Palembang kemudian disatukan semasa di bawah pemerintahan Sanjaya.
Orang China menyebut empayar tersebut sebagai San Fo Tse (Tanah Seri Indah Sekebun Bunga) pada abad kelapan. Pada tahun 1502 Sultan Mansur Shah menggabungkan Kelantan ke dalam Pattani. Selepas Sultan Mansur Shah mangkat, Sultan Pattani ketika itu melantik gabenor memerintah Kelantan yang berpusat di Pengkalan Datu (dekat Kota bharu).
Pemerintah Kelantan tidak memakai gelaran sultan sebaliknya menggunakan gelaran raja. Di antara Datu-datu yang terkenal iaitu Datu Nik Jamaluddin. Pada 1554 cicit kepada Sultan Mansur Shah iaitu Raja Mansur membebaskan Kelantan daripada Pattani dan menggunakan kembali gelaran Sultan.
Sultan Muhammad adalah pemerintah terakhir daripada dinasti berkenaan yang memerintah sehingga 1602 kerana baginda tidak mempunyai anak. Kemudian tempatnya diambil putera Datu Nik Jamaluddin dengan memakai gelaran Sultan Adiluddin (1602 - 1605). Sultan Adiluddin adalah ayah kepada Puteri Maryam (Puteri Saadong).
Sebelum kelahiran Kota Bharu sebagai ibu negeri Kelantan, pusat pemerintahan Kelantan terbahagi kepada dua iaitu Kota Kubang Labu dan Kota Pengkalan Datu. Ibu kota negeri Kelantan mempunyai sejarah yang panjang kerana berlaku perebutan di antara pemerintah ketika itu.
